המקדש הבולט ביותר בבניינים הדתיים של ניקו, שם הועמד טוקוגאווה אייאסו לאחר מותו בשנת 1616. עשרים שנה לאחר מכן, נכדו של אייאסו (אימיטסו, השוגון השלישי של טוקוגאווה) הקים מתחם מורכב סביב המאוזוליאום של אייאסו. 55 הבניינים שלו כוללים שמונה אוצרות לאומיים, ובמיוחד יומימון (Yomeimon), שער מפואר המעוצב בגילופי עץ מורכבים, ציורים בהירים ועלים מזהב. תוך כדי סיור באתר, תשים לב לכמה מהגילופים המוזרים – חתול ישן, פילים כועסים למראה כועס (האמן מעולם לא ראה פיל אחד בימי חייו) ושלושת הקופים המפורסמים בסרט "לא רואים שום רע, לא שומעים שום רע, לא מדברים שום רע". ממש מחוץ למתחם נמצא מוזיאון ניקו טושוגו המודרני, בו תוכל ללמוד עוד על השוגון הראשון.
שיקום מתחם המקדש צפוי להסתיים בשנת 2020; אזורים מסוימים יישארו פתוחים ברחבי מתחמו.
תחבורה הקרובה ביותר: 13 דקות מתחנת ניקו או טובו-ניקו באוטובוס World Heritage Tour ולרדת בתחנת Omotesando.
